在留申請オンラインシステムの対象手続き、利用できる人、企業が利用するメリットや手続きの流れを2026年4月時点の最新情報で解説します。令和8年1月5日のシステム更改で変わったポイントや、人事・総務担当者が押さえるべき実務上の注意点も網羅。
在留申請オンラインシステムとは
在留申請オンラインシステムは、出入国在留管理庁が提供する、在留資格関連の各種申請をインターネット経由で行えるシステムです。2019年7月の運用開始以来、対象となる申請の種類や利用できる人の範囲を段階的に拡大しながら、企業の人事・総務担当者にとって欠かせない手続きインフラへと成長してきました。特に令和8年（2026年）1月5日には大規模なシステム更改が実施され、添付ファイルの容量拡大や入力途中の一時保存機能など、現場の声を反映した改善が施されています。
システムの概要と目的
在留申請オンラインシステムは、地方出入国在留管理官署（出入国在留管理を行う地方の行政機関）の窓口に出向くことなく、自宅やオフィスのパソコンから在留資格に関する申請を完結できる仕組みです。出入国在留管理庁の公式サイトによると、対象となる手続きは在留資格認定証明書交付申請、在留資格変更許可申請、在留期間更新許可申請など7種類に及び、24時間365日（メンテナンス時間を除く）申請が可能となっています。
システムの導入目的は、申請手続きの利便性向上と窓口の混雑緩和です。窓口申請では平日の開庁時間内に出向く必要があり、申請時と受領時の最低2回は地方出入国在留管理官署を訪れなければなりません。オンラインシステムを活用することで、こうした移動や待ち時間の負担を大幅に削減できます。
2019年開始から2026年更改までの変遷
在留申請オンラインシステムは、運用開始から段階的に対象範囲を拡大してきました。主な変遷は次のとおりです。
2019年7月の運用開始当初は、外国人を雇用している所属機関の職員等のみが利用対象で、対象となる在留資格も「技術・人文知識・国際業務」など就労系資格に限定されていました。2020年3月には対象が拡大され、より多くの就労系在留資格でオンライン申請が可能となりました。
2022年3月には大きな改正が行われ、マイナンバーカードと公的個人認証機能を活用することで外国人本人や法定代理人、親族による申請が可能となりました。これにより「日本人の配偶者等」「永住者の配偶者等」「定住者」など入管法別表第2の在留資格もオンライン申請の対象となり、現在では「外交」と「短期滞在」を除くほぼ全ての在留資格で利用できます。
2026年1月5日に実施されたシステム更改の主な変更点
出入国在留管理庁は、令和8年（2026年）1月5日に在留申請オンラインシステムの大規模な更改を実施しました。利用者アンケートで要望の多かった事項を中心に、以下のような改善が行われています。
| 更改項目 | 更改内容 |
|---|---|
| 添付データ容量 | 添付できるデータの容量を拡大 |
| 添付ファイル数 | 添付資料について、複数のファイルが添付可能に |
| 一時保存機能 | 申請項目の入力途中で一時保存できる機能を実装 |
| 利用者ID有効期間 | 所属機関等の利用者IDの有効期間を1年間から3年間に延長 |
特に注目すべきは、所属機関の職員が利用する利用者IDの有効期間が1年間から3年間に延長された点です。従来は毎年の定期報告が必要で、更新を失念すると利用が停止されるリスクがありましたが、3年間に延長されたことで管理負担が大幅に軽減されました。
ただし、令和7年12月以前に申請した案件については、新システムの申請情報一覧画面に表示されなくなる点に留意が必要です。過去の申請情報を保持したい場合は、システム更改前に申請情報一覧画面を印刷するなどの対応が求められていました。
出典：出入国在留管理庁「新しい在留申請オンラインシステムについて（令和8年1月5日）」
https://www.moj.go.jp/isa/11_00064.html
在留申請オンラインシステムで利用できる申請手続き
在留申請オンラインシステムで申請できる手続きは、外国人雇用に関わる主要な申請がほぼ網羅されています。ここでは対象となる申請の種類と在留資格、対象外となるケースを整理します。
オンライン申請の対象となる7つの手続き
出入国在留管理庁によると、在留申請オンラインシステムで利用できる手続きは以下の7種類です。
- 在留資格認定証明書交付申請：海外から外国人を新たに呼び寄せる際の手続き
- 在留資格変更許可申請：「留学」から「技術・人文知識・国際業務」への切り替えなど、現在の在留資格を別の在留資格に変更する手続き
- 在留期間更新許可申請：現在の在留資格のまま在留期間を延長する手続き
- 在留資格取得許可申請：日本国内での出生など、上陸手続きを経ずに在留資格を取得する手続き
- 再入国許可申請：在留資格変更・更新・取得と同時に行う場合に対象
- 資格外活動許可申請：在留資格変更・更新・取得と同時に行う場合に対象
- 就労資格証明書交付申請：転職時に新しい職務での就労が認められることを証明する手続き
再入国許可申請と資格外活動許可申請については、単独でのオンライン申請はできず、在留資格変更・更新・取得の申請と同時に行う場合に限ってオンラインで手続きできます。
対象となる在留資格の範囲
在留申請オンラインシステムで申請できる在留資格は、「外交」「公用」「短期滞在」、および「特定活動」のうち出国準備期間を指定された方などを除く幅広い在留資格です。ただし、利用者区分（所属機関の職員、弁護士・行政書士、外国人本人など）や手続きの種類によって対象範囲が異なるため、最新の対象在留資格は出入国在留管理庁の公式案内で確認してください。日本企業で雇用されることの多い以下の在留資格は、いずれもオンライン申請の対象です。
- 技術・人文知識・国際業務：エンジニア、通訳、マーケティング担当など専門職に多い在留資格
- 特定技能（1号・2号）：人手不足が深刻な特定産業分野で受け入れる在留資格
- 技能実習：開発途上国への技能移転を目的とした在留資格（2027年4月から育成就労に移行予定）
- 高度専門職：高度人材ポイント制で認定される在留資格
- 経営・管理：事業の経営や管理に従事する在留資格
- 企業内転勤：海外の事業所から日本の事業所への転勤者向け在留資格
- 技能：熟練した技能を要する業務に従事する在留資格
- 介護：介護福祉士の資格を有する外国人向け在留資格
- 永住者・永住者の配偶者等・日本人の配偶者等・定住者：身分系の在留資格
オンライン申請の対象外となるケース
以下のケースではオンライン申請が利用できないため、地方出入国在留管理官署の窓口で手続きする必要があります。
- 在留資格「外交」「公用」「短期滞在」「特定活動（出国準備期間）」など対象外とされる在留資格に関する申請
- 永住許可申請（オンライン申請の対象外で、窓口申請のみ）
- 在留期間の最終日（在留期間満了日の当日）に行う在留期間更新許可申請・在留資格変更許可申請
- 海外のIPアドレスからのアクセス（日本国内からのアクセスのみ対応）
特に注意したいのが、在留期限当日のオンライン申請ができない点と、永住許可申請がオンライン対象外である点です。期限ギリギリの場合や永住許可を申請する場合は窓口対応となるため、余裕を持ったスケジュールでの準備が不可欠です。
在留申請オンラインシステムを利用できる人
在留申請オンラインシステムを利用できる人は、立場によって申請可能な範囲や事前準備が異なります。企業の人事・総務担当者が代理申請する場合のポイントを中心に整理します。
所属機関の職員（企業の人事・総務担当者）
外国人を雇用している企業や、登録支援機関、公益法人の職員は、所属する機関で雇用している外国人や支援対象の外国人に代わってオンライン申請ができます。多人数の外国人を雇用する企業にとっては、人事・総務部門で一括して申請業務を担えるため、非常に効率的です。
利用にあたっては、事前に地方出入国在留管理官署に「利用申出」を行い、認証ID（利用者ID）の発行を受ける必要があります。詳しい手続きは後述します。
弁護士・行政書士
申請取次の届出を済ませた弁護士や行政書士も、依頼を受けた外国人に代わってオンライン申請が可能です。複雑な案件や、企業内に十分な知識を持つ人材がいない場合は、専門家への外注も有効な選択肢となります。
外国人本人・法定代理人・親族
2022年3月の改正により、外国人本人やその法定代理人、親族（配偶者・子・父または母等）もオンライン申請ができるようになりました。利用にはマイナンバーカードが必要で、認証手段としてはパソコンに接続するICカードリーダライタ（公的個人認証用の機器）に加え、マイナポータルアプリをインストールしたスマートフォンでも対応できる場合があります。最新の対応端末や手順は出入国在留管理庁の公式案内をご確認ください。
企業としては、外国人本人がマイナンバーカードを保有している場合、本人に申請を任せる選択肢もありますが、申請の正確性や進捗管理の観点から、所属機関の職員が代理で申請するケースが一般的です。
企業が在留申請オンラインシステムを利用するメリット
在留申請オンラインシステムを企業が活用することで得られるメリットは、単なる「窓口に行かなくて済む」だけにとどまりません。多人数の外国人を雇用する企業ほど、その効果は大きくなります。
24時間365日どこからでも申請可能
オンラインシステムは原則として24時間365日利用できます（年に数回のメンテナンス時間を除く）。地方出入国在留管理官署の開庁時間（平日午前9時〜午後4時）に縛られないため、業務終了後や休日にも申請業務を進められます。
また、本社・店舗・派遣元など複数拠点で外国人を雇用している場合でも、本社の人事担当者が一括して申請を進められるため、各拠点の管理者の負担を軽減できます。これは、拠点長の負担を抑えたいと考える企業にとって大きなメリットとなります。
複数申請の一括処理による業務効率化
在留申請オンラインシステムには、複数名の申請を一度にまとめて行える「一括申請」機能があります。指定されたCSV形式のテンプレートに必要な情報を入力してアップロードすることで、個別に入力する手間を省けます。
特定技能外国人を多数雇用している企業や、技能実習生の一斉更新時期を抱える企業では、この一括申請機能が業務効率を大幅に改善します。少人数の場合は画面に直接入力する個別申請、10名以上の場合は一括申請といった使い分けが実務的です。
2025年4月改定で一部手続きの手数料が窓口より安く設定
2025年4月1日に在留手続きの手数料が改定され、オンライン申請の場合は窓口申請より安く設定される手続きが出てきました。手続きのデジタル化を推進する施策の一環とされています。2026年4月時点の主な手数料は以下のとおりです。
| 手続きの種類 | 窓口申請 | オンライン申請 |
|---|---|---|
| 在留資格変更許可申請 | 6,000円 | 5,500円 |
| 在留期間更新許可申請 | 6,000円 | 5,500円 |
| 就労資格証明書交付申請 | 2,000円 | 1,600円 |
| 再入国許可申請（1回限り） | 4,000円 | 3,500円 |
| 再入国許可申請（数次） | 7,000円 | 6,500円 |
在留資格変更許可申請と在留期間更新許可申請、再入国許可申請ではオンラインの方が500円安く、就労資格証明書交付申請は400円安く設定されています。なお、永住許可申請はオンライン申請の対象外で、窓口申請のみとなります（手数料は窓口10,000円）。在留資格認定証明書交付申請には手数料はかかりません。
外国人雇用人数が多い企業ほど、オンライン申請による手数料削減効果は積み上がります。たとえば100人の在留期間更新を年間で行う場合、窓口申請なら60万円、オンライン申請なら55万円となり、5万円のコスト削減につながります。
出典：出入国在留管理庁「在留手続等に関する手数料の改定」
https://www.moj.go.jp/isa/01_00518.html
なお、2026年3月10日には、政府が在留資格の変更・更新手数料の法定上限を10万円、永住許可申請手数料の法定上限を30万円に引き上げる方向の入管法改正案を閣議決定しました。これは「法定上限」の引き上げで、実際の納付額がそのまま10万円・30万円となるわけではなく、具体的な金額は今後の政令で定められます。最新動向は以下のビザマネメディア記事もご参照ください。
在留資格の更新手数料が値上げへ｜2025年改定と2026年度の大幅引き上げを企業向けに解説
申請状況をシステム上で一元管理できる
オンライン申請を行うと、システムの「申請情報一覧」画面で全ての申請の進捗状況を確認できます。誰の、どの手続きが、現在どの段階にあるのかを一画面で把握できるため、複数の外国人従業員を抱える企業でも管理漏れを防ぎやすくなります。
審査が完了するとメールで通知が届くため、結果確認のためにシステムへ頻繁にログインする必要もありません。窓口申請のように在留カードへ「申請受付中」のスタンプが押されない代わりに、「申請受付番号が記載された受付完了メール」が申請中の証明として機能します。
在留申請オンラインシステム利用時の注意点・デメリット
便利な在留申請オンラインシステムですが、利用にあたって押さえておくべき注意点もあります。事前に把握しておくことで、申請時のトラブルを未然に防げます。
事前の利用申出と定期報告が必要
所属機関の職員がオンライン申請を利用するには、事前に「利用申出」を行い、認証ID（利用者ID）の発行を受ける必要があります。2026年1月の更改以降は、この利用申出をオンライン上でも行えるようになりました（従来どおり郵送・窓口での申出も可能）。利用申出の審査には1週間〜1か月程度かかるとされており、業務開始のタイミングに合わせて余裕を持って手続きを進めましょう。
また、利用継続のためには定期報告が必要です。2026年1月の更改で利用者IDの有効期間は3年間に延長されましたが、有効期間中であっても所属機関の情報変更があった場合などは届出が必要になります。担当者の異動・退職時には、後任が新たに追加利用申出を行う必要がある点にも注意が必要です。
推奨環境・海外IPアドレスからはアクセス不可
在留申請オンラインシステムには動作環境の制約があります。出入国在留管理庁の公式案内では推奨ブラウザはMicrosoft Edgeとされており、Google ChromeやSafariなども利用可能とされています。最新の対応ブラウザやバージョンは公式案内で確認してください。
また、不正アクセス防止のため、海外のIPアドレスからはログインできません。日本国内に在住する従業員が一時的に海外出張中の場合や、海外駐在員の家族の手続きを現地から行いたい場合などは、オンライン申請が使えない点に注意が必要です。
在留期間満了日当日は申請できない
在留期限の最終日（在留期間満了日の当日）には、オンラインシステムでの申請はできません。当日申請が必要な場合は、管轄の地方出入国在留管理官署の窓口で手続きする必要があります。
窓口では混雑に備えて時間を確保する必要があり、当日対応は精神的負担も大きくなります。在留期間の管理は計画的に行い、余裕を持ったスケジュールでオンライン申請を行うことが重要です。
在留期限を過ぎると不法就労のリスクが生じます。在留期間中の更新手続きの注意点については、以下の記事も参考になります。
在留カード更新中にビザの期間がきれてしまったら？出国をした場合はどうなる？
添付ファイルの形式・容量に制限がある
オンライン申請では添付資料を電子データでアップロードしますが、ファイル形式や容量に制限があります。2026年1月の更改で容量は拡大され、複数ファイルの添付も可能となりましたが、それでも事前に書類を電子化する作業が必要です。
特に、紙で保管されている古い書類や、手書きの書類が必要な場合は、スキャンして電子化する工程が発生します。書類の電子化フローを社内で標準化しておくことで、オンライン申請の効果を最大化できます。
企業が在留申請オンラインシステムを始めるまでの流れ
企業が在留申請オンラインシステムを利用開始するまでには、以下の4ステップを踏む必要があります。準備から実際の利用開始までは概ね2〜3週間が目安です。
ステップ1：利用申出の準備（必要書類の確認）
利用申出には複数の書類が必要となります。所属機関の種類によって必要書類が異なりますが、基本的には以下のような書類を準備します。
- 在留申請オンラインシステム利用申出書（郵送提出の場合のみ）
- 誓約書
- 本人確認資料の写し（運転免許証、機関の名称が書かれた健康保険被保険者証など）
- 申請取次者証明書の写し（申請取次者として届出を行っている場合）
- 所属機関のカテゴリーを示す資料（カテゴリー1〜4のいずれかに該当することを証明する書類）
カテゴリー審査を受ける在留資格（技術・人文知識・国際業務、企業内転勤、技能、研究、高度専門職）に係る申請を行う機関の場合は、カテゴリー立証資料の追加提出が必要です。
ステップ2：地方出入国在留管理官署への申出
2026年1月の更改以降、利用申出はオンライン・郵送・窓口持参のいずれかの方法で行えるようになりました。郵送・窓口の場合は、所属機関の所在地を管轄する地方出入国在留管理官署に提出します（成田空港、羽田空港、中部空港、関西空港の4支局など、出入国審査のみを担当する官署では受付していません）。
郵送する場合は、封筒に「在留申請オンラインシステム利用申出書在中」と明記すると確実です。書類の内容や組織の要件に問題がなければ、おおむね1週間〜1か月程度で審査結果がメールで通知されます。
ステップ3：認証IDの発行・パスワード設定
利用申出が承認されると、在留申請オンラインシステムに利用者情報が登録され、パスワード登録画面に進むためのメールが届きます。このメールに記載されたURLから利用者登録手続きを行い、パスワードを設定することでシステムが利用可能となります。
設定するパスワードは10〜20文字で、英大文字・英小文字・数字・記号のうち4種類以上の文字を使用する必要があります。セキュリティの観点から、推測されにくい強固なパスワードを設定してください。
メールのドメイン「@rasens-immi.moj.go.jp」が受信拒否設定されていると、認証メールが届きません。また、利用者登録画面に進めるのはメール送付から24時間以内のため、メール受信後は速やかに手続きを進めましょう。
ステップ4：定期報告による利用継続
2026年1月の更改後、所属機関等の利用者IDの有効期間は3年間です。継続して利用する場合は、有効期間内に定期報告を行う必要があります。定期報告を失念すると利用が停止されるため、社内で更新時期を管理する仕組みが欠かせません。
在留申請オンラインシステムで申請する手順
利用準備が整ったら、いよいよ実際の申請に進みます。申請方法は申請件数によって「個別申請」と「一括申請」の2種類を使い分けます。
個別申請の流れ
個別申請は、画面上のフォームに直接情報を入力する方法です。少人数の申請に適しており、入力ミスがあった際もその場で修正できます。基本的な流れは以下のとおりです。
- 1. 在留申請オンラインシステムにログイン
- 2. 申請種別（在留資格変更、在留期間更新など）を選択
- 3. 申請者の基本情報（氏名、生年月日、国籍、在留カード番号など）を入力
- 4. 申請内容に応じた追加情報を入力
- 5. 必要書類のPDFファイルなどをアップロード
- 6. 入力内容を確認して申請を送信
- 7. 受付完了メールで申請受付番号を確認
一括申請（CSV形式）の流れ
一括申請は、Excel等で作成したCSVデータをアップロードする方法です。10名以上の申請を同時に行う場合や、定期的な一斉更新時期に圧倒的に効率的です。
- 1. 出入国在留管理庁が提供する一括申請テンプレートをダウンロード
- 2. テンプレートに対象者の情報を入力（氏名、在留資格、必要事項など）
- 3. 在留申請オンラインシステムにログインして一括申請メニューを選択
- 4. 作成したCSVファイルをアップロード
- 5. システムによる形式チェック後、申請内容を確認して送信
- 6. 受付完了メールで全件の受付状況を確認
CSVの形式エラーがあると一件ずつ修正する必要があるため、入力時のチェックが重要です。社内で記入ルールを統一し、ダブルチェック体制を整えておくと安心です。
申請後の審査状況確認と結果受領
申請後の審査状況は、システムの「申請情報一覧」画面から随時確認できます。審査が完了するとメールで通知が届き、結果に応じて以下の対応が必要になります。
- 許可された場合：在留カードや在留資格認定証明書を窓口受取または郵送で受領
- 追加資料の提出を求められた場合：システム経由または郵送で資料を追加提出
- 不許可となった場合：地方出入国在留管理官署に出頭して理由説明を受ける
在留資格認定証明書は2023年3月から電子メールで受領することも可能となっており、海外の本人や所属機関への送付がスムーズになりました。
在留申請オンラインシステム活用時の企業の実務ポイント
在留申請オンラインシステムを最大限活用するためには、システム単体に頼るのではなく、社内の管理体制と組み合わせて運用することが重要です。ここでは人事・総務担当者が押さえるべき実務ポイントを解説します。
在留期限の管理と申請タイミング
在留期間更新許可申請は、在留期限の3か月前から申請できます。更新申請の標準的な審査期間は2週間〜1か月程度ですが、特定技能や技術・人文知識・国際業務などでは1か月以上かかることもあります。出入国在留管理庁が公表する在留審査処理期間によると、2025年7月許可分の在留期間更新の平均処理日数は技術・人文知識・国際業務で40.5日、特定技能1号で40.9日となっています。
こうした審査期間を考慮すると、在留期限の2〜3か月前には申請を完了させておくことが理想です。在留期限ギリギリで申請してオンラインシステムが使えず慌てるケースを防ぐためにも、社内で更新スケジュールを可視化しておきましょう。
社内の管理体制の整備
在留申請オンラインシステムを使いこなすには、以下のような社内体制を整備することが効果的です。
- 在留期限の一覧管理：全外国人従業員の在留期限を一覧化し、更新時期を可視化
- 申請担当者の明確化：誰がいつまでに申請するかの責任を明確に
- 書類の電子化フロー：必要書類を申請時に慌てて電子化しなくて済む仕組み作り
- 認証ID管理ルール：パスワードの定期変更や担当者変更時の引き継ぎ手順
- 本社・拠点間の連携：申請進捗を本社・拠点間で共有する仕組み
特に多拠点で外国人を雇用している企業では、本社・店舗・派遣元でリアルタイムに同じ情報を確認できる仕組みが、不法就労リスクの防止に直結します。
外国人雇用管理システムとの併用で管理工数を削減
在留申請オンラインシステムは、あくまで申請手続きを電子化するツールです。在留カードの偽造チェックや在留期限の自動アラート、外国人従業員情報の一元管理など、雇用管理全体の効率化には外国人雇用管理システムとの併用が効果的です。
2025年6月の入管法改正により、不法就労助長罪が厳罰化されました（2026年6月14日施行予定で、5年以下の拘禁刑または500万円以下の罰金）。在留カードの確認体制を強化することは、企業にとって急務となっています。在留カードの真贋確認に役立つ公式アプリの活用方法については、以下の記事もご覧ください。
在留カード読み取りアプリの使い方を徹底解説｜導入手順・失効照会・企業の実務ポイント
また、外国人採用全般の注意点とリスク対策については、以下の記事に網羅的にまとめられています。
外国人採用注意点のまとめ｜企業が知るべきリスクと対策を徹底解説
まとめ：在留申請オンラインシステムを活用して外国人雇用管理を効率化
在留申請オンラインシステムは、外国人雇用に関わる主要な申請手続きをインターネット経由で完結できる、企業の人事・総務担当者にとって不可欠なインフラです。2026年4月時点では、ほぼ全ての就労系・身分系の在留資格でオンライン申請が可能となっており、令和8年1月のシステム更改で利便性も大幅に向上しました。
特に多人数の外国人を雇用する企業にとっては、24時間365日の申請可能・一括申請による業務効率化・窓口申請より500円安い手数料設定・申請状況の一元管理など、得られるメリットは非常に大きいといえます。一方で、利用申出や定期報告、推奨環境の制約、在留期限当日の申請不可といった注意点もあるため、計画的な活用が不可欠です。
システムの活用と並行して、社内の在留期限管理体制や書類電子化フローを整備することで、不法就労リスクの防止と業務効率化を両立できます。外国人雇用管理システムとの併用も視野に入れながら、自社の体制を見直してみてはいかがでしょうか。
